Niedoskonałość przyjętych założeń. W XVIII w. Linneusz wprowadził podwaliny systematyki biologicznej i później rozwijano ten format. Trochę namieszały tu zwierzęta kopalne oraz badania genetyczne. Namnożyło się rozmaitych pod-, nad-, infra- itd. Po prostu okazało się, że życie jest znacznie bardziej skomplikowane, niż wydawało to się ludziom na początku.

Każdy takson automatycznie należy do taksonu wyżej, czyli np. człowiek rozumny (takson gatunek) należy do człowieka (czyli Homo, takson rodzaj), do małp, do naczelnych, do łożyskowców, do ssaków itd. I tym samym trochę nam to psuje podział szkolny na ryby, płazy, gady, ssaki i ptaki. Taki system sprawdza się u dzisiejszych stworzeń, jednak u części gatunków kopalnych już nie bardzo. No bo wszystko, co powstało z ryby, nadal jest rybą. I taki przykład: do ryb kostnoszkieletowych należą także tetrapody, czyli m.in. ludzie. W pewnym sensie jesteśmy rybami :D

Badania genetyczne popsuły wizję pokrewieństwa dzisiejszych zwierząt. Nie zawsze to, co podobne musi być spokrewnione. Zjawisko konwergencji ewolucyjnej działa w taki sposób, że niespokrewnione ze sobą gatunki mogą wyglądać podobnie (np. ryby, delfiny i wymarłe ichtiozaury mają podobny kształt ciała, bo sprawdza się to w środowisku, w którym żyją/żyły). I przechodząc do meritum: parzystokopytne zostały trochę poprzestawiane. Wielbłądy są najbardziej oddalone od innych zwierząt z tego kladu, później wyodrębniła się linia prowadząca do świń, później przeżuwacze (np. jeleń), a później hipopotamy i wieloryby (i dodatkowo kilka wymarłych linii, po których dziś już nie ma śladu). Oczywiście poszczególne linie oddzieliły się dawno temu, np. najstarszy waleń datowany jest na 50+ mln lat (i był to zwierz praktycznie lądowy).