Bueno, en primer lugar, Japón es un imperio, que forma parte de una élite, como lo es el G8, o el G4.
Segundo, si bien, podemos notar que la orden jesuita ha tenido capítulos nefastos en su historia, el conflicto tuvo un contexto mas allá de la religión, como lo mencione anteriormente en este articulo.
Tercero, Japón tiene un papel importante dentro de los intereses occidentales, aparte de tener una gran relación con los Estados Unidos. Espero que haya despejado algunas dudas.
Gracias por tus comentarios, saludos! :)