Ну, я похожее делаю уже энное время, несколько раз меняла инструменты, сейчас в процессе очередной смены.

• Автономность временами кажется лишней, но реально - очень помогает потом понимать, что я сказать-то хотела.
• Связи - обходится за счёт заведения узловой карточки для карточек, которые непонятно, куда сунуть, а потом уже в пределах этой карточки обычно видно, какую её часть можно сделать новой узловой карточкой.
• Сохранять старые заметки - это не практикую, делаю актуальный срез. Может, и зря.