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계란이 상하게 되면, 여러가지 유해균의 번식과 독소 생성이 일어나게 된다. 계란이 상하는 이유는 미생물의 활동에 의해 발생한다. 계란의 껍질은 수천 개의 작은 구멍으로 이루어져 있어서, 외부의 미생물이 손쉽게 침투할 수 있다.

상한 계란에서는 주로 살모넬라, 리스테리아 등의 유해균이 있다. 이 유해균들은 계란이 상하면서 생성되는 독소를 통해 우리 몸에 피해를 입힐 수 있고 이 독소는 일반적으로 식중독을 일으키는 주요 원인이며, 심한 경우 신장 손상이나 심장 질환을 유발할 수 있다.